母星とのコンタクトに成功し、地球を去ることになったアルフ。その送信を受信していた軍はアルフを捕らえ、証人保護プログラムをタナー一家に適用し、彼らをアイスランドへ飛ばしてしまう。エドモンズ空軍基地では意見聴取が行われ、アルフを無害であると主張するヒル少佐と、アルフを危険視するミルフォイル大佐（Ｍ・シーン）が激しく対立する。委員会の採決前に、ミルフォイルはひそかにアルフを毒殺しようとする。それを察知したヒル（Ｊ・ダジェット）とマリカン大尉（Ｗ・オリアリー）は、アフルを軍施設から連れ出し、エイリアンの権威であるデクスター（Ｍ・ファーラー）の豪邸を目指す。デクスターは彼らを歓迎し、アルフは豪邸での快適な生活を楽しむ。だがデクスターのパソコンを偶然立ち上げたマリガンは、デクスターの恐るべき計画を発見する！